Pada 22 September, tepatnya saat usia Syaikh Yusuf 18 tahun, ia berangkat menuju Mekah melalui pelabuhan Somba Opu menumpang kapal Melayu. Oleh karena jalan pelayaran niaga pada waktu itu mesti melalui laut Jawa dan transit di Banten (Jawa Barat), maka beliaupun ikut singgah di pusat bandara kesultanan Banten. Syaikh Yusuf tiba di Banten pada masa Sultan Abu al-Mafakhir Mahmud Abdul Qadir yang memerintah tahun 1596-1651. Di Banten, ia juga bersahabat dengan putra mahkota, Abdul Fattah, yang kelak menjadi raja Banten dengan gelar Sultan Ageng Tirtayasa.
Setelah beberapa lama berada di Banten, kemudian beliau meneruskan perjalanannya ke Aceh Darussalam sebelum melanjutkan perjalanannya ke Jazirah Arabia. Di Aceh beliau berkenalan dengan seorang tokoh ulama dan pemimpin serta khalifah “Tariqah al-Qadiriyyah” di Aceh, yaitu Syekh Muhammad Jilani bin Hasan bin Muhammad Hamid al-Raniriy.
Baca juga: Syaikh Nawawi Al-Bantani
Syaik Yusuf menghabiskan waktunya selama transit di Banten dan Aceh lebih kurang lima tahun. Kemudian ia melanjutkan perjalanannya ke Yaman. Setelah itu menunaikan ibadah haji di Mekah dan berziarah ke makam Nabi Muhammad di Madinah. Kemudian ia pergi ke Syria dan terakhir ke Turki. Setelah kurang lebih 23 tahun mengembara, Syaikh Yusuf kembali ke Tanah Air pada tahun 1668 M.
Di Tanah Air, Syaikh Yusuf dianggap menjadi duri dalam daging oleh Belanda. Di Banten, Syaikh Yusuf menjadi ulama besar. Sultan Ageng Tirtayasa mengangkatnya menjadi qadli (hakim) dan guru tarekat. Karena kondisi Banten saat itu sedang mengalami peperangan dengan Belanda, Syaikh Yusuf diangkat oleh Sultan sebagai panglima perang. Sejak saat itulah pasukan Banten yang dipimpin Syaikh Yusuf berulang kali memukul mundur pasukan Belanda.
F. de Haan dalam bukunya “Priangan Jilid III”, menceritakan pengepungan Belanda terhadap pasukan Banten yang dipimpin Syaik Yusuf. Belanda yang mengadakan pengejaran secara teratur dan terus menerus akhirnya bisa menangkap Syaikh Yusuf dan putra Sultan Ageng Tirtayasa, Pangeran Purbaya. Pada 1683, Syaikh Yusuf diasingkan ke Ceylon, Srilanka. Selama di Ceylon, Syaikh Yusuf menulis sejumlah kitab seperti, Hab al-Warid, Tuhfat al-Labib, Safinah an-Najah, Zubdat al-Asrar, dan Tuhfat al-Rabaniyah.
